Von 150 – 240 n. Chr. stand auf dem heutigen Kirchenplatz ein römisches Kastell. Es diente zur Sicherung des Limes und der Altmühlfurt und wurde von den Alemannen zerstört. Klosterzeit An gleicher Stelle wurde vor 754 ein Kloster gegründet. Es war Eigentum Ludwigs des Frommen (Sohn Karls des Großen) und wurde anschließend an die Benediktiner übereignet. In einer Urkunde taucht der Ortsname zum ersten Mal auf: 823 „Gunzinhusir“ = „Haus des Gunzo“, ein ortsansässiger Adeliger, der hier Besitz verliehen bekommen hatte. Als Klosterkirche diente vermutlich eine Holz- und Steinkirche. Leider ist nicht bekannt, wie lange sie bestand.
Romanischer Vorgängerbau
Historisch verbürgt ist für die Zeit zwischen 1183 und 1195 die Weihe einer größeren Kirche durch den Bischof Otto von Eichstätt. Aus dieser Zeit stammen noch die drei Turmuntergeschosse, von außen ist das romanische Fenster der alten Sakristei im Turmuntergeschoß erkennbar. Der Christuskopf am ersten Pfeiler im Kirchenschiff stammt vermutlich ebenso aus dieser Zeit. Diese Kirche war die Pfarrkirche einer kleinen Gemeinde (ca. 300 Gemeindeglieder)
Gotische Kirche St. Mariäe Virginis
Die Vorgänger-Kirche war zu klein geworden (Gunzenhausen hatte die Stadtrechte erhalten, die Zahl der Einwohner stieg stetig) So begann man im 15. Jh. mit dem Bau des Langhauses als Basilika. 1449 – 96 wurde der Bau des Chores durch Andres von Kemnaten ausgeführt. Er wurde im hochgotischen Stil ausgeführt, angelehnt an die Kirchen in Weißenburg, Nördlingen, Dinkelsbühl. Man verstand ihn als „Durchbruch des Ewigen“ (Anselm Grün). Ab 1422 wurde ein zweiter Pfarrer am Stephans-Altar durch den Markgrafen genehmigt, 1469 ein „Frühmesser“ am Katharinenaltar und 1497 am Sebastiansaltar ein weiterer Pfarrer. Am 19.12. 1498 wurde Andreas Osiander, der spätere Reformator Nürnbergs, in Gunzenhausen geboren.
Reformation in Gunzenhausen 1524
Pfr. Lüßner, reformatorisch geprägt 31.01.1525: Bitte um Einführung des Dt. Gottesdienstes und Abendmahl in beiderlei Gestalt an Markgraf Kasimir. Ein Mönch hatte die Gedanken Luthers in Gunzenhausen berichtet. 11.09.1528: Einführung der Reformation in Gunzenhausen, Pfr. Lüßner erster Dekan (+ 1544)
Barockzeit
Im Langhaus wurde ein Steingewölbe anstelle der vorhandenen Holzdecke eingebaut. Im Westgiebel an der Orgelempore entstanden Fenster in einem einzigartigen gotisch-barocken Mischstil. 1705 – 07 waren Jahre mit reger Bautätigkeit. Es wurden gefertigt: Der Kreuzaltar (Volpini), die Kanzel (gefertigt durch den Gunzenhäuser Schreiner Nieß, nach einem Entwurf von Volpini), der Hochaltar, das Taufbecken und es wurde der Fürstenstand für den Markgrafen eingebaut. Die Seitenaltäre wurden entfernt. Emporen wurden eingefügt und das Kirchendach über die gesamte Fläche errichtet. In zwei Grüften unter der Kirche wurden Adelige bestattet, bis dies vom letzten Markgrafen verboten wurde. 1651 wurde die erste Orgel mit 5 Registern zur Unterstützung des Gemeindegesanges als Antwort auf die Predigt aufgestellt. Sie war von Bewohnern Gunzenhausens leihweise zur Verfügung gestellt.
19. Jahrhundert - Neugotik
Die Kirche wurde im neugotischen Stil umgestaltet. Die Fresken im Chorraum wurden übermalt, der gotische Aufbau des Sakramentshäuschen wurde entfernt, ebenso der Fürstenstand. 1850 baute man neue Kirchenbänke ein. Der Hochaltar aus der Barockzeit wird entfernt und in seiner jetzigen Form erneuert. Das Bild „Verklärung Christi“ wurde vom alten Barockaltar übernommen. Das barocke Taufbecken wurde durch ein neugotisches ersetzt. Etwa alle 20 Jahre mussten neue Orgeln eingebaut werden. 1876 wurde die Kirche mit Kunstglasbildfenstern nach Entwürfen von Prof. Wanderer, Nürnberg, ausgestattet.
20. Jahrhundert
1911 bekam die Kirche Heizung und Strom. Aus dem Jahr 1934 stammt die heutige Orgel mit 27 Registern. 1954 wurde die Kirche wieder renoviert. Dabei wurde das Sakramentshäuschen und die Apostelfresken freigelegt. Im Kirchenschiff entdeckte man das große Bild des Christophorus. In den Jahren 1989 – 1998 bekam der Chorraum neue Glasbildfenster. Sie wurden von Prof. Gottfried von Stockhausen entworfen. 2001 konnte die letzte Innen- und Außenrenovierung abgeschlossen werden. Für das heutige Gemeindeleben kennzeichnend sind neben einer reichen Kirchenmusik die Missionsfeste und die monatlichen Taizè-Gottesdienste.
21. Jahrhundert
Ostern 2007 wurde im Festgottesdienst die neue Orgel, ausgeführt von der Firma Jann in Laberweinting, eingeweiht.
